機動戰艦航海日誌 第001號 　西元2195年，宇宙間發生了第一次的火星會戰，戰況慘烈，火星殖民地及月球均受制於木星侵略者，致使鄰近的地球亦處於軍事危急之境。然而，地球的聯合部隊無法善盡抗敵之責，於是屬於民間企業尼爾加重工斥資研發了新型機動戰艦「海神號」並大舉招募人員以執行「史卡巴雷計劃」。令眾人破眼鏡的是艦長居然是位妙齡女子-玉廉丸百合香。百合香在艦上巧遇夢寐以求的青梅竹馬玩伴天河明人，可是明人父母均死於火星烏托邦殖民地，逃避戰爭記憶，一心抗拒再當飛行員，只想願當個廚師就好。 機動戰艦航海日誌 第002號 　地球聯合部隊認為隸屬私人企業的「海神號」擅自行動，有危及地球的可能，地球極東第三艦隊的玉廉丸提督，奉命拘捕「海神號」。百合香為了向父親面詢當初明人父母的死因，遂答應關閉引擎，並取下鑰匙，與父親談判；一時間，「海神號」群龍無首，毫無防備能力。不過，明人一干人皆希望「海神號」早日解救火星，於是衝動的阿凱便率先架著超級金剛來救，趁亂之際，百合香快速溜回「海神號」，決心與同伴貫徹使命。 機動戰艦航海日誌 第003號 　地球緊急召開軍事安全會議，譴責「海神號」之擅自行動。不料，會議進行中，百合香竟然插進電視牆畫面要求地球聯合部隊撤下地球防護網，以免阻礙「海神號」脫離地球之計畫。阿純決心阻止「海神號」，遂提議與明人展開男人間的〝一對一〞對決；最後，阿純終於頓悟軍隊只是引發戰爭，而不會追求正義，遂決心追隨「海神號」當個正義使者。 機動戰艦航海日誌 第004號 　阿凱突然遭受襲擊死亡，令明人十分悲傷，遂痛下決心再度當個飛行員，以慰好友之靈。通訊員小惠因安慰明人，使得二人之間產生情愫，此與令鍾情於明人的艦長百合香震驚不已。另一方面，正航向火星的途中的「海神號」，突然遇到不明物體入侵，原來是三位迷航的的女飛行員，三人身分不明，亦無惡意，於是「海神號」暫時收留了她們。 機動戰艦航海日誌 第005號 　「海神號」繼續航向火星，一路尚稱平安，全自動化的「海神號」無須太耗人力，眾人悶得發慌。由於艦上人員並非軍職，而是受雇於尼爾加企業的員工，紀律顯得較鬆散。這天，艦上為祭慰火星會戰之亡靈，舉行喪禮，但因應各式種族民情之需，必須分開舉行。根據員工契約，身為艦長之百合香為艦上各式婚喪喜慶之主持人百合相一方面為情所苦，一方面為各式葬禮疲於奔命，最後，一人跑去打坐，尋求心靈平靜，正巧遇上明人也來打坐，百合香大為振奮，又自作多情地認為明人還是喜歡自己的。 機動戰艦航海日誌 第006號 　「海神號」終於抵達火星。明人迫不及待要探訪故鄉烏托邦移民區，小惠也一同前往。二人跌入地洞發現上有許多倖存者，其中包括「海神號」的戰鬥設備設計者妮絲佛利莎，她發出嚴重警告︰「海神號」根本不是無人武器「木星蜥蜴」的對手。同時敵軍鬱金香戰艦派出龐大戰力攻擊「海神號」，原本樂觀的艦長百合香首次受挫，驚覺自己的戰力並不足以解救火星上的任何人，而痛哭失聲百合香請求明人給予一吻，讓自己有支撐下去的勇氣，但是明人卻被她的舉動給嚇走了。