劍心與陣風終於取回龍脈泉水，救回小薰的性命。二人隨即又啟程轉往日光東照宮，欲找尋改變龍脈流向的地點，以拯救整個東京。然而，關鍵所在卻是德川家康所留下來的一枚翡翠紋章。該紋章原本被嵌在家康靈廟的陽明門上，當劍心尋到時卻已遭人掉包。尋物不成，劍心等人只好改變策略，尋找施法布陣的靈水。