劍心為了阻止天草翔伍發動宗教報復，帶著小薰等人前往島原一探究竟，途中遇見舊識荷蘭領事館的領事艾爾斯坦先生，還到領事官邸小敘。領事是一為虔誠的天主教徒，聽劍心說島原可能會有宗教之亂，立即答應劍心必定傾全力相助。之後劍心等人來到島原，島原是一座小島，島上住著許多天主教徒，教徒們將天草翔視為救世主，而翔伍本人的野心也是相當上帝，率領了一批會武功的部下，以地底下的大聖堂為基地，打算對政府展開宗教報復。然而當劍心和左之助照著兵衛的地圖來到鐘乳洞遇見惡狗猛追時，小薰卻一個人誤闖誤撞來到大聖堂，而被天草翔伍發現了…。