劍心等人回到神谷道場後過著祥和的日子。一天京都的小操來信說京都發生很可怕的事情，有人陳屍在河面，屍體上刻著西洋文字和圖樣。經葵屋御庭番眾調查結果顯示，這些人的死跟天主教徒有關，並且那個殺手也練得一身高超的飛天御劍流，並且也習會天翔龍閃。蒼紫要劍心速來京都，劍心知道此事非比尋常也立刻帶著小薰等人再度前往京都，得知兇手跟飛天御劍流有關之後，劍心前去探訪師父比古清十郎一探究竟，果然這位兇手跟飛天御劍流門派有所淵源，而且他的速度甚至比劍心快，名字叫做天草翔伍，人稱上帝之子。