第1話　醒來吧, 超星神戰士們!

距今大約是在數億年之前, 地球上有著比現在還要高度且進步的文明和繁華…人類開始製造足以代表當時神乎奇技科學的超星神。星神在被持有強大火力連合軍的激烈攻擊之下, 終於節節敗退, 墜落地球, 連合軍的攻擊讓地球的文明徹底毀滅, 人類因此被滅亡…。重新誕生的人類創造了新的文明世界, 超星神甦醒, 再度活動於世間…。

第2話　發動!颶風星神

沉睡在天馬身體裡的戰士遺傳因子終於覺醒了, 原來天馬是射手星神。可琳博士和堀口博士的人馬都在爭取天馬的加入, 無奈天馬不願意, 讓雙方人馬疲於奔命。可琳博士又找來了阿仁, 湊足了三個風向屬性的戰士, 風向傳動因此連結, 起動了超星神中的颶風向星神, 這樣的結果終於讓天馬下定決心加入堀口博士的行列…。

第3話　起動超星神火鳥星神吧!

弓道天馬決定繼承超古代的遺傳因子, 以射手星神的身份加入星神戰士的戰鬥行列。緊接著第三位火向戰士也現身了, 他就是未加的弟弟獅堂劍, 他以獅子星神的身份覺醒, 加入了星神戰士的戰鬥行列, 三位火向星神聚集, 超星神火鳥星神終於被起動了…。

第4話　死鬥!大地的戰士!

天馬、未加、劍, 三位火向戰士聚集了, 終於被起動的超星神火鳥星神, 迎戰風向戰士所操縱的超星神颶風星神, 但是, 颶風星神的強大攻擊力制服了火鳥星神。這一切都被意外發現的金牛星神看見了, 可琳為了除掉火向戰士, 居然對金牛星神撒謊, 不知情的金牛星神挑戰射手星神, 差一點就和射手星神一起被雙子星神給消滅掉…。

第5話　熱血警官山羊星神

運鈔車搶案的嫌疑犯淳也一路逃亡, 她的女朋友小蘭也在警方的追捕行列之中, 可琳幫助小蘭逃走, 原來小蘭是處女星神, 可琳為了要網羅她, 費盡心思要將她留住。追趕淳也和小蘭的警察豪, 他是山羊星神, 天馬和未加已經和他取得連繫…。

第6話　激戰!火向及風向和大地

警方終於找到淳也, 並且為他療傷, 放下心來的小蘭專心地變身成為處女星神, 她聯合了金牛星神和山羊星神, 起動了大地星神, 打敗風向戰士的颶風星神, 可是, 變身為金牛星神的直人卻在任務結束之後照例消失無蹤…。

第7話　快啊!為了救命!

可琳用卑鄙的手段暗中攻擊天馬, 未料天馬的身邊還有一個不相干的無辜受害者瑪琪, 洸和涼子在得知這件事情之後, 心生不滿, 可琳卻一意孤行, 認為要達成目的, 就必需在一定的程度上犧牲某些人…。

第8話　降臨!天空之龍

堀口博士查到了可琳的身份, 原來現在的可琳博士根本就是冒名的人, 她在背後操縱風向戰士的動機可異, 可琳害怕身份被揭穿, 一心一意想要消滅堀口, 幸好劍即時趕到, 堀口博士才幸免於難, 但卻因此展開了火向和風向戰士的戰鬥, 在戰鬥中火鳥星神戰敗, 卻被天上突然的巨龍帶走…。

第9話　戰慄!可琳的真面目

被御園木叫出去的堀口博士失蹤了, 大家開始分頭尋找他的行蹤, 不信任可琳的涼子離開了可琳, 仁就像跟屁蟲一般地陪著她。但是, 誰也沒想到, 可琳的真面目居然是阿基隆人, 看過她真面目的涼子決定加入未加一行人, 悍衛寶貴的地球…。

第10話　入侵!阿基隆人的圈套!

涼子和仁成為火向及大地戰士的夥伴之後, 打算重新再對洸進行一次柔性的勸說。洸在看見可琳的真面目之後, 仍舊不相信可琳會是想要攻擊地球的阿基隆人, 在危險的時刻, 射手星神在雙子星神的面前除掉了可琳…。

第11話　集結!九位星神戰士

可琳變成的阿基隆人居然在死亡後又甦醒過來, 這個消息讓所有的星神戰士感覺戰慄不已。堀口博士通知星神戰士, 阿基隆人出現在運動場, 連忙趕到的星神戰士卻看見變身為龐大怪獸的阿基隆人, 莫非這就是阿基隆人的真面目…?!。

第12話　決戰!超星神VS阿基隆大星獸

直人在小蘭的感化下, 終於願意拋卻孤獨之狼的生活方式, 加入星神戰士成為星神戰士的夥伴。在九位星神戰士起動三位超星神的激烈戰鬥下, 阿基隆人終於被打敗, 解除了地球的危機…。

第13話　襲擊!因柏達外星人

新的超星神海王星神出現在神鯨島, 擁有起動海王星神能力的三位水向戰士也現身了, 但是, 他們尚未瞭解自己的使命和責任, 為了瞭解星神戰士的一切, 他們找上天馬和未加, 希望能夠一探究竟, 在不熟識的情況下, 雙方人馬展開誤會的戰鬥…, 而怪異的外星人拉迪亞和露西亞, 更是虎視眈眈打著海王星神的主意…。

第14話　覺醒吧!水向戰士

因柏達星人露西亞及拉迪亞一心要消滅星神戰士, 進而毀滅海王星神, 於是和星神戰士展開一場廝殺…。水向戰士為了探究星神戰士的真正目的和使命, 跟在未加和天馬身後, 這樣的舉動引起天馬不滿, 對水向戰士產生心結…。

第15話　站起來!水向超星神

水向戰士出現了, 他們分別是天蠍星神-誠、巨蟹星神-辰平和雙魚星神-小愛。但是, 巨蟹星神辰平卻遲遲無法覺醒, 心急的他想要藉由和涼子對戰達到覺醒的目的, 可是卻沒有成功, 他是否能夠順利的覺醒, 和其他兩位夥伴一起起動屬於他們的超星神-海王星神呢?

第16話　司令官洛磯亞

因柏達星人拉迪亞死在星神戰士的手中, 剩下來的露西亞一心想要幫拉迪亞報仇, 卻因洛磯亞另有計畫, 所以無法實行。陪伴在和久井博士身邊的星山先生, 居然是因柏達人, 堀口博士是否能解決這個棘手的問題呢… 。

第17話　危機!人類滅殺計畫

雙魚星神小愛原來是和久井博士的親生女兒, 從小受和久井博士援助的小愛, 一心希望能夠和心目中的博士叔叔見面, 未料, 中途殺出了因柏達星人露西亞和洛磯亞, 在戰鬥中博士死了, 洛磯亞也成功地起動了巨靈星神…。

第18話　最強的敵人!巨靈星神!

因柏達星人洛磯亞和露西亞終於從和久井博士的手中騙取了控制器, 起動了巨靈星神, 火向戰士和水向戰士共同召喚了火鳥星神及海王星神, 和巨靈星神展開了一場激烈的對戰…。

第19話　出動!大地星神

孤獨的狼金牛星神松坂直人, 在小蘭的苦苦哀求下, 仍不願意回到星神戰士的身邊, 和他們一起戰鬥, 露西亞和洛磯亞來襲, 打傷了健太, 讓直人非常的自責, 在涼子的勸說及健太的約束下, 直人重回星神戰士的身邊, 和大地戰士一起召喚大地星神, 擊退巨靈星神…。

第20話　激鬥!戰鬥女勇士

因為小愛的疏忽, 讓好不容易可以逮到露西亞的機會成泡影, 同是水向戰士的誠和辰平心裡很不舒服, 言語之中不乏有責怪小愛的意思, 這樣的結果讓小愛非常的難過, 決定將自己當成誘餌, 引出露西亞, 查出洛磯亞的去向…。

第21話　逼近!地球的滅亡日

激烈的戰鬥中, 因柏達星人露西亞受了傷, 星神戰士們雖想幫她治療, 卻因外星人和地球人身體構造不同而作罷, 洛磯亞冒著巨靈星神控制器有可能被星神戰士搶走的危險, 來到堀口博士的研究所拯救露西亞…。

第22話　你看!合體超星神

在激烈的戰鬥下, 洛磯亞失去了露西亞, 而巨靈星神的控制器也落入了星神戰士的手中, 原來巨靈星神是為了要讓四巨超星神結合一體的核心機器人, 和它結合後的機器人名為合神獸王, 是人類手之的王牌兵器…。

第23話　復仇!洛磯亞的挑戰

洛磯亞的上司告訴他, 奧可夫. 馬納夫的最高會議結果已經出爐了, 我們在地球上的作戰失敗, 一切都結束了, 可是洛磯亞對於拉迪亞和露西亞的死心有不甘, 決心要為他們報仇, 從宇宙召來了大機器人大洛磯安人, 準備挑戰天馬…。

第24話　威脅!大洛磯安人

因柏達星人洛磯亞召來了大洛磯安人對付星神戰士, 星神戰士團結一致, 一起召喚了火鳥星神、颶風星神、大地星神、海王星神, 並且讓它們合為一體, 成為合神獸王, 落敗的洛磯亞打算帶著天馬同歸於盡, 未料竟在最後一刻放過了天馬, 自己走向冥途…。

第25話　暗中潛藏!新的敵人

平靜無戰爭的日子, 讓星神戰士好不容易有了偷閒的時間, 大家聚在一起談論起自己變成星神戰士的故事和契機, 博士的學妹里子來訪, 她卻要求博士要放棄星神戰士, 原來她被外星人給附身了, 在危急之際, 幸得星神戰士相助, 化解了一場無謂的戰爭…。

第26話　異次元的囚犯

外星人比述星人成了地球最新的侵略者, 他們打著把人類轉送到異次元空間, 然後佔領地球的算盤, 導致地方上無辜失蹤的人越來越多, 天馬一行人分頭去追蹤事情的源由, 不料, 天馬和未加兩人果真被外星人轉送到了異次元空間, 他們該如何脫困呢?

第27話　可怕, 火向戰士的必殺劍!

比述星人想要攻打地球, 將所有地球人都轉送到異次元空間去, 然後再加以消滅掉。星神戰士得知這個陰謀之後, 四處尋找比述星人的秘密基地, 準備破壞這個惡魔計畫, 不料, 計高一籌的比述星人, 居然安排麻美充當間諜在星神戰士身邊通風報信, 星神戰士是否能發現麻美也是比述星人呢?

第28話　美麗的逃亡者

椿總部長瞞著國家, 偷偷在私底下進行阿基隆人的複製工作, 他希望自己的國家能夠擁有全世界最強大的武器, 才有資格領導全世界往前走。但是, 人類並無法完全瞭解外星人的生命力, 他所複製的阿基隆人終於發狂出走了…。

第29話　出動!五式支援機士!

吸取了水晶體得到強大能量的複製阿基隆人從研究所逃走了, 椿總部長終於知道自己做了一件傻事, 他向御園木道歉, 為了打敗複製阿基隆人, 御園木讓沖田出動雄飛, 並撐到星神戰士召喚超星神, 大家同心協力之下, 終於打敗了複製阿基隆人…。

第30話　水瓶星神暴走

史頓星人扎多附身在涼子的朋友巧身上, 雖然他同是史頓星人, 卻和拉蒙唱反調, 拼命的保護地球, 不讓拉蒙把地球給破壞掉。涼子在巧化為灰塵之前, 對他解釋當初自己失約的理由, 希望得到巧的諒解, 了結自己的心頭之悶…。

第31話　小姐真危險

IQ300, 18歲的天才博士, 諾貝爾物理獎的得獎人史提西. 艾亞, 來到日本訪問卻失蹤, 讓日本政府傷透腦筋, 找來星神戰士幫忙尋找蹤跡, 因為艾亞的手上握有水晶板的破片, 成為外星人狙擊的目標, 豪在偶然的機會下遇見艾亞, 兩人之間發生了淡淡的情愫…。

第32話　飛行員的惡夢

太空梭飛行員若杉先生在外太空維修太空梭時被超古代時期的兵士菲拉多給附身了, 回地球之後, 若杉先生變得異常無比, 嚇壞了自己的女兒莉莎。御園木接到上頭的命令要逮捕若杉先生, 若逮捕不行就要殺了他, 天馬認為應該想辦法拯救他而不是消滅他, 於是…。

第33話　復仇鬼, 洛磯亞

星神戰士們都以為洛磯亞已經死了, 沒想到滿懷復仇之心的他卻復活了, 他帶著大洛磯安人回來攻擊星神戰士, 目的是要打敗天馬—射手星神。小蘭的腦袋中拷貝著水晶板上所記錄的資料, 她們得到了新的戰力巨大戰車, 用新的戰力迎戰的他們是否能夠大獲全勝呢?

第34話　打倒大洛磯安人

洛磯亞這次利用誠在當戰地記者時的前輩來打擊誠, 讓誠對自己成為星神戰士的決定產生懷疑, 他還綁走了涼子和蘭, 想要利用離間的方式, 挑戰星神戰士。幸好星神戰士們還是能夠團結一致, 共同擊退敵人。

第35話　街頭舞者遇害記

小蘭的舞伴慎志不見了, 優子擔心不已, 跑來找小蘭求救, 小蘭追蹤的結果, 發現是加達星人把慎志一行人給綁走了, 他的目的是要把慎志他們製成標本, 提供給奧可夫. 馬納夫組織開發取代黑衣戰士的兵器, 在戰鬥之中, 優子傷了腳, 恐怕無法再跳舞…。

第36話　再見了!夥伴!

阿振迪星人富里特為了追捕一級嫌犯來到了地球, 他借用了真司的身體, 卻被仁給跟上, 仁為了不讓真司的身體受到傷害, 幫助富里特一起追捕克里米尼, 原來富里特的夥伴被他給殺了, 所以富里特發誓一定要幫夥伴報仇…。

第37話　海豚之日

因為超音波的關係, 人們一個接著一個倒下, 國防部為了解決事件, 關閉了危險的水族館。不過, 深信海豚不會做壞事的辰平, 為了解救少女, 一個人闖入了關閉的水族館。

第38話　從超古代來的訪者

I原本以為機器人奧美加是星神戰士們的夥伴, 卻在小蘭腦海中出現水晶板的記憶後, 解開了這個謎, 原來奧美加是奧可夫. 馬納夫的傑作, 他曾在四億年前和星神戰士展開對戰, 被留在地球的目的, 也是為了再度滅殺星神戰士們…。

第39話　機器人, 奧美加!

機器人奧美加不想和星神戰士對戰, 於是回去向奧可夫. 馬納夫報告, 希望能夠化解他和星神戰士間的戰鬥。不料, 奧可夫. 馬納夫切斷了他的獨立思考程式, 硬要他執行滅殺星神戰士們的指令, 在最後時刻他選擇自爆, 結束了他和星神戰士間的戰鬥…。

第40話　逆襲!黑衣戰士

奧可夫. 馬納夫的最高幹部貝魯傑思要洛磯亞破壞水晶板, 洛磯亞抓走了堀口博士和未加, 威脅天馬要拿水晶板來換取兩人的性命, 但是, 水晶板已經變成國防部的最高機密, 天馬要如何將水晶板拿出去呢?他又要如何解救博士和未加呢?

第41話　交鋒

洛磯亞打算從”奧可夫. 馬納夫”的最高幹部貝魯傑思手中把大洛磯安人搶回來, 不過在此之前, 他必需打敗天馬。洛磯亞手上有未加當人質, 這讓星神戰士們急得如熱鍋上的螞蟻, 這一次, 天馬是否還是能夠戰勝洛磯亞呢?他能不能把未加平安無事的救出來呢?

第42話　甦醒！古代生命

貝魯傑思派露卡前往地球，將波斯基杜喚醒，波斯基杜力量強大，具備各個超星神的能力，他先將天馬和露卡打傷了以後，跑到小鎮上吸取人類的生命，使得這個小鎮的人都不見了。而天馬因為救了露卡使她免於被波斯基杜攻擊，因此後來露卡報恩，也幫助天馬療傷。洸、仁和涼子到小鎮上找尋波斯基杜，兩邊即將正面交鋒。

第43話　絕滅者波斯基杜

波斯基杜是超古代生物，他有可能是超星神們的祖先，所以他才會每個超星神的招式，後來博士發現可以利用當初露卡將波斯基杜喚醒的膠囊來收服他，只要把波斯基杜再度收回至膠囊中即可，於是超星神們和波斯基杜來了一場大戰，大戰中天馬又?了幫露卡阻擋一個攻擊而受傷，露卡感動把自己的生命全給了天馬，犧牲了自己。最後波斯基杜終於被收服了。

第44話　解開超古代戰爭之謎

大家以為波斯基杜已經被收服到最出他復活的膠囊裡，但是卻萬萬沒想到能夠自我繁殖的他，還有其他分身在兜山繼續為非作歹，大家出動到兜山去一起攻擊他，但是他竟然操縱起火鳥星神，連機械人都拿他沒輒，大家大吃一驚。另外蘭從水晶板上面感應到古代戰爭的真正原因，同時也告訴了大家。

第45話　與波斯基杜的最後決戰

搶走火鳥星神的波斯基杜，受到十二個超星神猛烈攻擊，把他逼出火鳥星神，受了重傷的他在兜山的森林裡吸取樹木的生命力，大家在兜山上紮營，利用博士製造的感應器察覺到了他的所在，大家再一次同心協力，沒想到波斯基杜接收了大家的力量，竟然變得更強大。後來博士發現他的弱點在胸口那個紅點，射手星神天馬勇往直前刺傷他，最後大家組成合獸星神終於把波斯基杜打敗。

第46話　結束的開端

貝魯傑思派了一個叫做布萊頓的男人，故意假借維持和平的名義，要把擁有特殊能力的蘭帶走，後來甚至決定殺了她，他故意欺騙大家說蘭是波斯基杜，只要蘭離開，地球就能免於被攻擊。不過最後還是被大家識破，大家伊起攻擊布萊頓，和布萊頓的機械人阿魯哥。只是以為自己是波斯基杜的痛苦的蘭，為了拯救大家，自己先逃走了。

第47話　滅亡的序曲

布萊頓繼續說服大家以及蘭，只要蘭離開，就能夠拯救地球，蘭本身也一直在猶豫之中，雖然夥伴們都阻止她，但是她仍然一味的想要犧牲自己，只為了自己喜愛的夥伴們和整個地球。布萊頓開始發動怪獸攻擊社區，逼超星神們交出蘭，經過一番掙扎，大家仍然決定要一起並肩作戰，絕不讓蘭一個人犧牲。

第48話　龍的記憶．天之旨意

延續上一集，大家繼續聯合攻擊特洛伊，但是特洛伊實在太強，甚至出動機械人都沒有用。後來博士發現大家的心因為蘭究竟要不要犧牲而變得意見分歧、四分五裂，難怪沒有辦法贏得勝利。後來博士想辦法讓他們了解大家必須一條心，大家領悟了之後，再次整裝出動，連巨龍星神都前來幫忙，終於把特洛伊打敗，而露比也獲救。洛磯亞出現，幫助天馬把布萊頓除去。

第49話　宇宙聯合軍侵襲開始

奧可夫．馬納夫對地球的總攻擊，時間越來越逼近，國防省決定全面迎戰，但是超星神們不希望遠古時期同樣的戰爭再度發生，可惜蘭一直無法對奧可夫．馬納夫發出訊號。另外，奧可夫．馬納夫方面派了哥極到地球來想殺掉露比，超星神們保護露比，洛磯亞也出現幫忙。在萬無頭緒之下，天馬決定一個人前往奧可夫．馬納夫對談。

第50話　天馬，死吧

貝魯傑思派了一個超級強悍的宇宙怪獸卡布里仰到地球來對付超星神，卡布里仰實在是太厲害，連結合一體的超星神都打不過牠。另外阿魯哥又來取露比性命，這一次在陰錯陽差之間竟然被他得逞，他和露比一同葬身火窟。天馬打算一人單獨赴會奧可夫．馬納夫，卻在途中被卡布里仰射擊，飛機爆炸，究竟天馬是生是死呢？